بتاريخ 23 تشرين الأول أكتوبر 1977 ميلادية الموافق 9 ذو القعدة 1397 هجرية إستشهد الراحل السيد مصطفى الخميني (رضوان الله عليه) على أيدي السافاك الشاهنشاهي الإيراني بالتعاون مع مخابرات نظام البعث في مدينة النجف الأشرف وكان مقيمًا مع والده الإمام الخميني (رضوان الله عليه) في منفاه في تركيا والعراق .
تتلمذ رضوان الله عليه على يد مراجع عظام منهم السادة محسن الحكيم وأبو القاسم الخوئي ووالده روح الله الخميني .
صلى على جنازته السيد الخوئي (رضوان الله عليه) ودفن في الصحن العلوي المطهر بالقرب من قبر المحقق الحلي (رضوان الله عليه) .